Bernadette Chodron de Courcel reçoit une éducation stricte et sévère de sa mère.
Son père, mobilisé en 1939, est prisonnier en Allemagne durant la Seconde Guerre mondiale, jusqu'en 1944. Après la débâcle de juin 1940, elle et sa mère fuient Paris pour se réfugier auprès de sa grand-mère, la comtesse Odette de Brondeau d'Urtières, au château de Coudène, en Lot-et-Garonne.
Elle est alors inscrite à l'école privée Sainte-Marthe d'Agen.
De 1942 à 1945, après l'occupation de la zone libre, elles se réfugient auprès d'une tante, sœur aînée et marraine de sa mère, dans une propriété à Poilly-lez-Gien, à trois kilomètres de Gien, dans le Loiret.
Bernadette est inscrite en demi-pensionnat dans l'établissement catholique de Sainte-Marie-des-Fleurs-et-des-Fruits de Gien.
Son père revenu en 1945, la famille retourne s'installer à Paris, dans le VIe arrondissement, rue de l'Abbé-Grégoire. Elle finit sa scolarité jusqu'au baccalauréat à l'École normale catholique, dans le XVe arrondissement de Paris, où elle a notamment pour condisciple la future comédienne Sylvie Joly.
Elle entre à l’Institut d’études politiques de Paris (Sciences Po) en 1950, où elle rencontre son futur époux.
Elle y interrompt néanmoins ses études sans en être diplômée. Plus tard, une fois la carrière ministérielle de son mari lancée, elle entame, à partir de 1972, une licence puis une maîtrise en archéologie à l'université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, et travaille sur certains chantiers de fouilles à Vaison-la-Romaine.
